Из эндокринных желез значительные изменения имеются в надпочечниках. Надпочечники резко гиперемированы, с множественными очажками кровоизлияний, участками некроза коркового и мозгового вещества.
В головном мозгу отмечаются значительная гиперемия и отек мягкой мозговой оболочки, скопление большого количества отечной жидкости в субдуральном пространстве. Описаны чумные энцефалиты, менинго-энцефалиты и абсцессы мозга, иногда обширные подоболочечные кровоизлияния.
Обычно воспалительные изменения головного мозга наблюдаются при затяжном течении чумы.
Значительные изменения при бубонной чуме наблюдаются в симпатических. В них обнаруживаются гиперемия и кровоизлияния, при микроскопическом исследовании — гиалиновые тромбы в мелких и более крупных сосудах.
В ганглиозных клетках — вакуолизация протоплазмы, растворение ядра и полная их гибель. Большое значение в патологии особенно в эпидемиологии бубонной чумы имеет поражение легких, которое возникает в результате гематогенного поступления в них чумных микробов.
Подобная вторичная гематогенная пневмония при бубонной чуме, однако, встречается не постоянно. Эпидемиологическое значение этих вторичных пневмоний чрезвычайно велико.
При кашле такие больные выделяют в окружающий воздух огромное количество чумных палочек, взвешенных в капельках мокроты. Вдыхая такой зараженный воздух, люди, окружающие больного, инфицируются, и таким образом образуется первичная легочная чума.
Изучение различных эпидемических вспышек показывает, что легочная чума обычно возникает вслед за бубонной чумой.